Bland dödsfallen finns 15 barn. Ytterligare runt 84 personer saknas.
Överlevande uppger att fartyget – som hade 305 personer ombord – kapsejsade i havet norr om staden Obock i Djibouti, enligt ett uttalande från IOM.
Båten var på väg mot Jemen. Den omvända vägen – från Jemen till Djibouti – är en vanlig led för flyktingar från det krigshärjade Jemen.
Rättad: I en tidigare version av texten förekom en felaktig siffra på antalet människor ombord på båten.