Direkt efter avspark passade Bayern München hem till målvakt Manuel Neuer. När 40-åringen skulle spela vidare bollen bröt Robin Fellhauer och kunde driva fram och placera in 1–0.
Målet noterades i sekund sex och är det snabbaste målet i Bundesligas historia.
1–0 stod sig till halvtid men tidigt i andra halvlek kunde Ismael Saibari kvittera.
Tappar i tabellen
Augsburg återtog ledningen när Rodrigo Ribeiro slog till i minut 64. Med tio minuter kvar av matchen kunde Bayern München kvittera på nytt när Nathaniel Brown gjorde 2–2.
Matchen innehöll också fyra bortdömda mål.
Bortalaget låg på för ett segermål men Augsburg kunde hålla undan och matchen slutade 2–2.
Efter poängtappet toppar Bayern München för ovanlighetens skull inte Bundesliga, utan det gör rivalerna Borussia Dortmund med två poängs försprång. Augsburg ligger femma.