Eklund skadade sig i den första perioden mot Philadelphia Flyers när han tacklades hårt mot sargen av Flyersbacken Simon Benoit.
Den 23-årige svenske forwarden föll till isen och blev liggande i svåra smärtor innan han med hjälp av två lagkamrater kunde få hjälp ut i båset och vidare till omklädningsrummet.
Smällen såg ut att ha tagit illa på hans vänstra fotled.
Travis Green säger att han inte tror att William Eklund behöver opereras, men att en comeback kommer att dröja. Eklund ska dock kunna spela igen den här säsongen, enligt Green.
För Senators är svenskens skada ett hårt bakslag. Eklund kom till Ottawa i juni efter en trejd med San Jose.
Tanken var att han skulle ersätta Brady Tkachuk i förstakedjan sedan lagkaptenen krävt att få flytta till Florida Panthers och möjligheten att få spela tillsammans med brodern Matthew.
William hann notera två poäng, ett mål och en assist, under de första tre omgångarna i höst.
Toppar tabellen
Han draftades som nummer sju av Sharks i den första rundan 2021 och har hunnit producera 165 poäng, 51 mål och 114 assist, efter 256 spelade matcher i NHL.
Senators vann hemmamötet med Philadelphia Flyers med 2-1, mycket tack vare Linus Ullmarks storspel i kassen, och har inlett grundserien starkt med tre vinster på de första fyra omgångarna.
Man toppar tabellen för Atlantic-divisionen.
Ottawa möter Nashville Predators hemma under lördagen.
En god nyhet är att man då kan få tillbaka Andre Burakovsky, som dragits med en skada på överkroppen sedan försäsongen och ännu inte spelat någon seriematch.
Men man saknar fortfarande backstjärnan Jake Sanderson, som missat de tre senaste omgångarna. Han uppges dock vara nära en comeback.
En annan back, Artem Zub, dras med en knäskada men väntas kunna börja träna med laget kommande vecka.