De två männen, som bor i Storbritannien, greps vid flygbasen Molesworths säkerhetsparameter tidigt under torsdagsmorgonen misstänkta för för olaga intrång och skadegörelse.
Utredningen av händelsen fortsätter, uppger polisen enligt Sky.
Polisen misstänker för närvarande ingen koppling till utredningen vid flygbasen RAF Fairford där fem brittiska medborgare greps i slutet av september misstänkta för förberedelse till terrordåd. De gripna släpptes senare mot borgen. Ytterligare personer har gripits med koppling till utredningen.
Den brittiske premiärministern Andy Burnham har antytt att fallet vid Fairford kan ha kopplingar till Iran.