Japanskan, rankad 15 i världen, låg under med 1–6, 0–1 mot tjeckiskan Karolina Muchova när hon tvingades bryta matchen.
Då hade Osaka tagit en medicinsk timeout i första set.
– Jag vill tacka alla som kom och tittade på matchen och jag ber om ursäkt för att jag inte kunde spela klart, sade Osaka till publiken.
Den fyrfaldiga grand slam-vinnaren har aldrig tagit sig förbi tredje omgången i Wimbledon, men finalplatsen i grästurneringen i Bad Homburg visade att det fanns hopp för Osaka.
Naomi Osaka är 14:e-seedad i Wimbledon och är lottad att möta Elsa Jacquemot, Frankrike, i första omgången.
Nu är hennes start osäker.