16-åringen misstänks för mord, förberedelse till mord, grovt vapenbrott och brott mot lagen om brandfarliga och explosiva varor.
Ytterligare en 16-årig pojke åtalas för grovt skyddande av brottsling, och en 33-årig man åtalas för grovt vapenbrott.
”Utredningen har visat att skytten har befunnit sig i Uppsala i flera dagar för att söka efter sitt tilltänkta offer, och att hans primära mål har varit en annan person än den 19-åring som senare blir ihjälskjuten”, säger senior åklagare Mia Sjöstedt i ett pressmeddelande.
Det var den 5 juli i år som en 19-årig man sköts ihjäl i stadsdelen Kvarngärdet i Uppsala. Rättegången är planerad att inledas den 8 oktober.