MFF hade 2–0 med sig hem till Malmö efter första matchen nere i Österrike.
I onsdagskvällens retur dröjde det bara drygt sju minuter innan Ellen Löfqvist nickade in 1–0 på en hörna.
Det var första målet i MFF för den 28-åriga mittbacken, som värvades från Piteå förra året.
Tuva Skoog rullade in 2–0 i den 28:e minuten efter att först ha blivit frispelad med en nickskarv från Isabella D´Aquila och sedan rundat målvakten.
Skoog bjöd tillbaka med framspelningen till D´Aquilas 3–0 knappa kvarten in i andra halvlek.
Det var en Europakväll på ett folktomt Eleda stadion. Den officiella publiksiffran på 458 åskådare måste ha varit högt räknad.
Hela slutspelsträdet lottas på fredag, så det går redan då att se vilka lag som väntar framåt i turneringen.
Det är dubbelmöten som gäller hela vägen inklusive finalen i maj. De första åttondelarna spelas antingen 28 eller 29 oktober och med returer 10 eller 11 november.
Det finns inget hinder att möta ett lag från samma land, vilket innebär att MFF kan lottas mot Hammarby.
Kvar bland de sexton lagen i turneringen finns fler namnkunniga klubbar som tyska Frankfurt och Wolfsburg, Ajax, Feyenoord och PSV Eindhoven från Nederländerna, tjeckiska Sparta Prag, samt Rosenborg och Brann från Norge.
Texten uppdateras.