När Portugal vann mot Norge med 2–1 i Oslo blev Cristiano Ronaldo kvar på bänken hela matchen.
Det var första gången sedan 2008 stjärnan inte fick någon speltid när han var med Portugal.
Efter det har portugisisk media rapporterat att det ska vara en spricka mellan honom och förbundskaptenen.
– Min tanke var att han skulle komma in i andra halvlek, men det ändrades under matchens gång. Det var inte logiskt att ta in en anfallare med hans kvaliteter, säger Jorge Jesus.
Gillade inte gymmet
I veckan har Portugal laddat i Malmö inför torsdagens match mot Danmark i Köpenhamn.
Under tisdagen tränade inte Cristiano Ronaldo med laget och lämnade arenan i Malmö i förväg.
Portugisisk media rapporterar att landslagets förklaring var att att gymmet på arenan inte hade den utrustning som han önskade och då i stället åkte till hotellets gym.
Förbundsordföranden Pedro Proença ska ha satt sig på ett flyg till Skandinavien för att reda ut situationen mellan Cristiano Ronaldo och Jorge Jesus.
Det uppges ha varit ett krismöte på tisdagskvällen som har löst problemen.
Cristiano Ronaldo är aktuell att spela från start mot Danmark.