Redan efter 70 sekunder placerade Barcelonaspelaren in ledningsmålet när Kroatien gästade Sevilla.
Visserligen kvitterade Dion Beljo på nick i den 28:e minuten, men tre minuter senare klev Yamal återigen fram.
Tonåringen slog ett perfekt inlägg och lagkamraten Marc Pubill nickade in 2–1-målet.
Efter 65 minuter gjorde Yamal sitt tionde landslagsmål på 35 landskamper. Ur snäv vinkel skickade han in 3–1 innan Nico Williams fastställde segern till 4–1 i slutskedet.
Spanien toppar grupp 3 i A-divisionen på maximala sex poäng. England studsade tillbaka efter 2–3-förlusten mot spanjorerna i Nations League-premiären senast. Anthony Gordon och Harry Kane stod för målen när det blev en 2–0-seger borta mot Tjeckien.