”Vi kommer orubbligt fortsätta kampen för en ren fotboll så att anklagelser som undergräver förtroendet för turkisk fotboll reds ut”, säger landets justitieminister Akin Gürlek i ett uttalande.
Förutom ordföranden Gündogdu är också domarkommitténs vice ordförande en av personerna som gripits.
Turkiet skakades i fjol av en spelskandal som ledde till att 149 domare stängdes av, anklagade för att ha varit inblandade i illegal betting. Totalt stängdes också mer än tusen spelare av, varav 25 från högstadivisionen.
Justitieministern har i nuläget inte sagt att det finns någon koppling mellan spelskandalen och det nuvarande utredningen.