Mbappé gjorde matchens enda mål i den 54:e minuten, men grinade illa direkt efter skottet och fick sätta sig ned på planen. Han kunde inte spela vidare och enligt det franska förbundet ska han ha fått en skada i vänster knä.
Han återvänder nu till Madrid för behandling och väntas inte medverka i Frankrikes kommande tre matcher i Nations League.
Segern mot Turkiet var Frankrikes första match med Zinedine Zidane som förbundskapten. Härnäst väntar Belgien på bortaplan på måndag.