Thaçi var ledande i självständighetskriget mot Serbien, men tribunalen i Nederländerna dömde honom för krigsbrott till 25 års fängelse.
Ytterligare tre personer som var ledande i Kosovos krig mot Serbien dömdes också till lång fängelsestraff. Kriget krävde omkring 13 000 dödsoffer och kunde avslutas först efter bombinsatser från Natoländer mot serbiska mål.
Många av dem som på fredagen protesterade mot domen i nio städer bar med sig flaggor med färgerna som symboliserar rörelsen Kosovos befrielsearmé (UÇK-gerillan), i blodrött, svart och guld.
– (Domen) är en fläck på vår nations historia, sade Bajram Shala som varit medlem i UÇK.