Migranterna tas till ett hamnområde där det ska finnas tältplatser för cirka 1 700 personer med sängar och duschmöjligheter, enligt myndigheterna.
Förflyttningen inleddes tidigt på fredagen och polis rapporteras stundtals ha haft svårt att kontrollera folkmassorna.
Ceuta blev omskrivet i slutet av juli då över 70 000 migranter under tumultartade former tog sig över gränsen från Marocko.
Den stora merparten har återvänt men exakt hur många som är kvar är oklart: Enligt myndigheter i exklaven är de omkring 13 000, men den spanska centralregeringen hävdar att de kvarvarande migranterna är färre.
Krisen har fått stora politiska följder, bland annat har Italien infört gränskontroller mot Spanien.