Inför onsdagskvällens besked hade marknaden prisat in en höjning med mer än 90 procents sannolikhet.
Nu höjs räntan med en kvarts procentenhet till intervallet 3,75–4,00 procent.
Fed-chefen Kevin Warsh, som innan han skulle tillträda, lyfte att Fed mycket väl kunde genomföra ytterligare räntesänkningar har hamnat i ett prekärt läge.
USA:s inflation ligger klart över centralbankens inflationsmål och bensin- och dieselpriser har rusat som konsekvens av Irankriget. Detta gör att han och direktionen förväntades höja styrräntan för att få bukt med inflationstrycket och därmed gå emot Trump.
– Jag är säker på att han inte kommer att vara superglad, men han kommer att försvara Kevin Warshs oberoende, har Kevin Hassett, ekonomisk rådgivare till Trump, tidigare sagt om hur presidenten skulle reagera vid en räntehöjning.