Helikoptern var enligt den danska försvarsmakten ute på ett rutinuppdrag för att fotografera i ett område söder om orten Gedser på ön Falster, på internationellt vatten.
När den befann sig i närheten av det ryska örlogsfartyget avfyrades två nödraketer, varav den ena uppges ha passerat helikoptern på mycket nära håll.
Danmarks utrikesdepartement har kallat till sig Rysslands ambassadör till följd av händelsen. Det är oklart när mötet kommer hållas.