Under måndagskvällen skickade myndigheterna ut ett meddelande till boende i Vilnius och Kaunas med uppmaningen att söka skydd.
Anledningen var en misstänkt drönarobservation nära huvudstaden.
Ett Nato-stridsflyg skickades upp i luften – och kunde skjuta ner drönaren, rapporterar litauiska medier.
Chefen för Litauens nationella krishanteringscenter säger att drönaren sköts ner nära byn Navasiolkai.
Det är oklart var drönaren kom ifrån.
Allmänheten uppmanas att hålla sig borta från den nedskjutna drönaren.