Minst en person har omkommit och runt 25 saknas efter haveriet på söndagen, skriver nyhetsbyrån AFP.
Ett 50-tal personer har kunnat räddas. Enligt den grekiska tidningen Kathimerini pågick sent på söndagen en sökinsats med sex fartyg, varav två från EU:s gränsmyndighet Frontex.
Ön Gavdos, drygt tre mil söder om Kreta, är Greklands och Europas sydligaste punkt.