Tjeckien vann med 25–22, 25–23, 23–25, 17–25 och knappa 15–13 i avgörande set.
– Vi gjorde en ganska bra match, gjorde lite misstag i de två första seten men kände hela tiden att vi nästan var bättre än dem, säger Andersson.
– Det är surt, vi hade det i vår hand i slutet men orkade inte riktigt knyta ihop säcken.
Matchen spelades i Modena, Italien.
De svenska volleybollherrarna förlorade även den första matchen i EM, mot hemmanationen Italien med 0–3 i set.
På söndagen väntar Slovenien som är rankat fyra i världen just nu.