Färjan befann sig runt 2,2 kilometer från kusten i den turisttäta provinsen Palawan på onsdagskvällen när en brand bröt ut ombord. Inledningsvis rapporterades över 80 personer vara saknade, och 43 överlevande ha förts i land.
På fredagen uppgav filippinska myndigheter att de omkomnas kvarlevor börjat bärgas.
Färjan var på väg från huvudstaden Manila till staden Coron när branden bröt ut. En överlevande har uppgett att en explosion hördes från färjans lastrum.
Videoklipp från platsen visar hur färjan delvis slukats av eldslågor.