Branden bröt ut på onsdagskvällen, när färjan befann sig runt 2,2 kilometer från kusten i den turisttäta provinsen Palawan. Enligt kustbevakningen har fem döda och 43 överlevande förts i land.
En överlevande har uppgett att en explosion hördes från lastrummet.
– Efter det uppstod rök och eld. Enligt vittnesmålet eskalerade det snabbt. Efter några sekunder började elden sprida sig, säger Noemie Cayabyab, talesperson för kustbevakningen.
Färjan var på väg från huvudstaden Manila till staden Coron. Den har inte kunnat sökas igenom på grund av branden, men 134 passagerare och besättningsmedlemmar ska ha befunnit sig ombord.
– De flesta av de människor vi räddade var sådana som hade simmat bort från fartyget, säger Noemie Cayabyab.
Räddningsinsatsen uppges pågå. Efter närmare ett dygn väntar anhöriga fortfarande på uppdateringar om försvunna personer.
Videoklipp från platsen visar hur färjan delvis slukas av eldslågor.